El Congreso de la Federación Odontológica de Centroamérica y Panamá se constituye en el encuentro de las Entidades Federadas y sus representantes, y sirve de marco para las actividades parlamentarias, científico-académicas, y de enaltecimiento de la herencia sociocultural y ambiental de los países miembros. La sede del Congreso se asigna en forma secuencial, y en el 2018 le corresponde a Nicaragua ser el país anfitrión.